根据上述"三农"问题产生原因的分析，有学者认为，"三农"问题归根到底是农民收入问题，只有千方百计地提高农民收入，"三农"问题才能从根本上得到解决。
因为，就"农民苦"而言，现在农业劳动大部分已经机械化，劳动强度大大减低，农民感觉苦，不是苦在生产的强度、难度上，而是苦在收入增长相对缓慢，看不起病，子女上不起学，付不起各种摊派上。
同样，就"农业危险"而言，农产品需求的弹性低，收入增加而需求不会增加多少，改革开放以来，农业年均增长6.2%，这个速度并不慢。
所以要说"农业危险"，只能是农民收入增长慢，城乡差距继续扩大，将来农民不安于农，农业才会危险。
基于这样一种分析，这些学者认为，要解决"三农"问题，必须采取"多予、少取、放活"的方针，"多予"就是要增加全社会对农业和农村的投入，加快农业和农村基础设施建设，从而直接增加农民收入；"少取"就是要切实减轻农民负担，推进农村税费改革，让农民休养生息；"放活"就是要进一步深化农村改革，放活农村经营，把农民群众的积极性和创造性充分发挥出来。
因此，有学者认为，实行"多予、少取、放活"的方针是新阶段巩固农业基础地位，促进农业和农村持续、健康发展的必然要求，是解决新阶段农业和农村经济发展中出现的新情况、新问题的必然选择，也是坚持"以人为本"理念，保护农民权益、维护农民根本利益的必然决策。
林毅夫：《建设新农村是解决"三农"问题的现实选择》，《人民日报》2006年10月25日；叶兴庆：《对我国农业政策调整的几点思考》，《农业经济问题》2005年第1期；乐章：《他们在担心什么：风险与保障视角中的农业问题》，《农业经济问题》2006年第2期；李娜：《农民收入：增长与政策（1978-2004）》，《农业经济问题》2006年第5期。
但是，也有学者认为，"三农"问题是在发展中产生的，是我国经济社会快速发展和转型过程中各种矛盾和问题的集结。
我国现阶段产生"三农"问题主要是经济发展的一般规律和我国特殊的制度安排所造成的。
在工业化初期，工业的高增长率使生产要素迅速向工业聚集，加剧了农业的弱质化程度，加上我国长期以来实行重工轻农、重城轻乡、城乡二元结构的发展模式，从而必然加剧了"三农"问题。
我国"三农"问题的突出表现就在于日趋扩大的城乡居民收入差距，而且在制度背景没有大的改变的情况下，这种经济差距必将呈现"马太效应"，进一步降低农民的经济地位和政治地位。
从这一点来说，不能就"三农"问题谈"三农"问题，也就是说，要跳出"三农"的圈子寻找解决"三农"问题的出路，即只有实现从二元结构向现代经济结构的转变，把大量农村剩余劳动力从农村转移出去，才能从根本上解决"三农"问题。
这些学者认为，只有从这个角度来看待"三农"问题，才能对"三农"问题的认识有足够的高度，即这不是一个部门或一个产业的问题，而是全局性的问题，从而寻找解决"三农"问题的对策，也不能局限性于农业部门本身，如增加对农业的投入（这当然是重要的，但远远不是全部），而应动员全社会力量，从实现社会发展的根本任务即工业化、市场化、社会化、城市化出发，做出全局性战略安排，走出二元经济结构状态，形成现代经济结构，实现现代化。
必须转变发展模式，走城乡一体化的发展道路，使工业和农业互补，城镇和农村互惠，市民和农民互助，两者共同发展，共同进步。
据此，有学者认为，解决中国的"三农"问题，是一项复杂而艰巨的系统工程，这其中必然有体制改革和利益格局调整的"阵痛"，也会有新制度的构建过程中的摸索和失误，因此，只能以"全局统筹"作为解决"三农"问题的根本指导思想，以求解决长期以来制约中国经济社会发展的城乡二元结构问题，建立起社会主义市场经济条件下城乡经济社会协调发展的机制。
有学者更进一步指出，纵观一些工业化国家的发展历程，在工业化初始阶段，农业支持工业，为工业提供积累，是带有普遍性的趋向，但在工业化达到相当程度后，工业反哺农业、城市支持农村，实现工业与农业、城市与农村协调发展，也是带有普遍性的趋向。
目前我国总体上已经到了以工促农、以城带乡的发展阶段，我们应当顺应这一趋势，更加自觉地调整国民收入分配格局，更加积极地支持"三农"发展。
只有这样，我国的"三农"问题才能得到根本解决。
张卓元：《解决"三农"问题要走出二元经济结构，转移农村剩余劳动力》，《经济参考报》2002年1月30日；陆学艺：《"三农论"--当代中国农业、农村、农民研究》，社会科学文献出版社2002年版；宫希魁：《对中国农民问题的十大反思》，《中国经济时报》2003年6月17日；黄顺江：《破译"三农"问题》，《中国社会科学院院报》2009年5月26日。