针对有学者提出在农村之外寻求解决"三农"问题的办法，即开放户籍制度、发展非农产业、发展大中城市和小城镇、吸引更多农村劳动力进城，从而最终实现"减少农民"，有学者提出异议，认为这一思路是不现实的，因为中国农村人口基数庞大，城市就业机会有限，9亿农民在相当长的一段时期内并不可能顺利地从农村中转移出去，而"多予、少取"的农村税费改革也是对"三农"问题的被动应付。
他们认为，唯一正确的应是把"消灭农村"转向"建设农村"，走城市建设与乡村建设并行道路，在城市化的过程中建设乡村而不是破坏乡村，力避"贫民窟式"的城市化，这才标志着我国农村政策的根本转变，也才能从根本上彻底解决我国的"三农"问题。
与上述思路相联系，有学者认为，我国的"三农"问题，既需要通盘考虑、统筹兼顾，又需要重点突出、切中要害，总的思路应该是，实现农村城市化、农业产业化、农民市民化，而实现这"三化"的根本出路还是在于推进市场化改革，改革和创新农村的各项基本经济制度，完善农村社会主义市场经济体制。
市场化改革是农村改革的主题、发展的根本，市场化改革应当是推行各项政策措施的一个总体目标。
现在，人们讲得比较多的是走"农民进城"的路子，或者叫"非农化"的路子，也就是说，农村向城市靠、农业向工业靠、农民向市民靠，无疑不能说这一思路不对，从世界上实现工业化国家的经验来看，都经历了农业比重大幅度下降、农民比重大幅度减少、城市大幅度扩张的过程。
但就我国而言，从相当长一个时期看，城市的承受能力和农村的转移能力都是有限的，仅仅强调城市化和农民进城恐怕是不利于整个经济发展的，还应强调农村就地发展的思路，通过"农民进城"和"就地发展"两条腿走路，因地制宜，才能使城乡统筹发展、互动发展、协调发展，才能形成城乡一体化的市场体系，使社会主义市场经济体制完善起来，最终实现工业化和现代化。
王珏：《推进农村市场化改革和制度创新--解决"三农"问题的治本之举》，《农业经济问题》2004年第7期；深化农村税费改革走向研究课题组：《建设新农村背景下的农村改革：一个整体性政策框架》，《改革》2006年第10期；申端锋：《新农村建设若干问题研究》，《农业经济问题》2006年第2期。
还有学者认为，中国"三农"问题产生的基础是生产力低水平上分散的一家一户半自给自足的小生产方式，即半自然经济。
建立在这种半自然经济基础之上的由传统计划经济体制向市场经济体制转轨的过程中，市场制度的需求同计划制度安排之间的矛盾和冲突，是"三农"问题产生的根本原因。
要想从根本上解决"三农"问题，不能靠别的什么制度安排，只有靠市场化的制度安排，让农民获得他们理应获得的完整的土地产权，成为真正的市场主体，大力发展农村民营企业，发展农村要素市场体系，这些才是农村经济增长的关键，也才是解决"三农"问题的重要切入点。
周脉伏等：《解决"三农"问题的根本出路：农村市场化改革》，《农业经济问题》2004年第5期。